Zarządem Transportu Miejskiego kieruje Dyrektor powoływany i odwoływany przez Prezydenta m.st. Warszawy.

1. Dyrektorowi podlegają:

• Dział Kadr i Spraw Socjalnych [NK];
• Dział Kontroli Wewnętrznej [NA];
• Dział Prawny [NP];
• Dział Prasowy [NC];
• Dział Rozwoju Transportu [NR];
• Samodzielne Stanowisko ds. BHP [NBH];
• Samodzielne Stanowisko Inspektora Ochrony Danych [NOD].

2. Zastępcy Dyrektora - Dyrektorowi Pionu Ekonomiczno-Finansowego podlegają:

• Dział Ekonomiczny [FE];
• Dział Analiz [FA];
• Dział Zamówień Publicznych [FZ]; 
• Dział Techniczny [FT].  

3. Głównemu Księgowemu podlegają:

• Dział Finansowy [KGF]; 
• Dział Księgowości [KGK].

4.  Dyrektorowi Pionu Handlowego podlegają:

• Dział Sprzedaży Biletów [HB];
• Dział Windykacji [HW];
• Dział Kontroli Biletów [HK];
• Dział Nadzoru Handlowego [HNH].

5. Dyrektorowi Pionu Przewozów podlegają:

• Dział Organizacji Przewozów [PPO];
• Dział Nadzoru Przewozów [PN];  
• Dział Informacji Pasażerskiej [PPI].

6. Dyrektorowi Pionu Inwestycji podlegają:

• Dział Planowania i Przygotowania Inwestycji [IPP];
• Dział Realizacji Inwestycji i Remontów [IPR];
• Dział Rozliczeń Inwestycji [IRO];
• Dział ds. Metra Warszawskiego [IMW];
• Dział Zarządzania Infrastrukturą Komunikacyjną [IZK];
• Samodzielne Stanowisko ds. Koordynowania Inwestycji Miejskich [IKI].

7. Dyrektorowi Pionu Teleinformatycznego i Bezpieczeństwa podlegają:

• Dział Wsparcia Użytkowników i Utrzymania Systemów Informatycznych [EU];
• Dział Rozwoju Systemów Informatycznych [ER];
• Dział Wsparcia Projektów [EWP];
• Dział Zintegrowanej Karty Miejskiej [EKM];
• Dział Bezpieczeństwa [EB].  

8. Dyrektorowi Pionu Administracyjno-Organizacyjnego podlegają:

• Dział Organizacji i Zarządzania Jakością [OZJ];
• Dział Administracyjno-Gospodarczy [OG];
• Dział Kontaktu z Pasażerem [OKP];
• Dział Funduszy Europejskich i Marketingu [OFM].

SCHEMAT ORGANIZACYJNY