Zarządem Transportu Miejskiego kieruje Dyrektor powoływany i odwoływany przez Prezydenta m.st. Warszawy.
1. Dyrektorowi podlegają:
- Dział Kadr i Spraw Socjalnych [NK];
- Dział Kontroli Wewnętrznej [NA];
- Dział Prawny [NP];
- Samodzielne Stanowisko ds. BHP [NBH].
2. Zastępcy Dyrektora - Dyrektorowi Pionu Ekonomiczno-Finansowego podlegają:
- Dział Ekonomiczny [FE];
- Dział Analiz [FA];
- Dział Zamówień Publicznych [FZ].
3. Głównemu Księgowemu podlegają:
- Dział Finansowy [KGF];
- Dział Księgowości [KGK].
4. Dyrektorowi Pionu Handlowego podlegają:
- Dział Sprzedaży Biletów [HB];
- Dział Windykacji [HW];
- Dział Kontroli Biletów [HK].
5. Dyrektorowi Pionu Przewozów podlegają:
- Dział Organizacji Przewozów [PPO];
- Dział Nadzoru Przewozów [PN];
- Dział Informacji Pasażerskiej [PPI].
6. Dyrektorowi Pionu Inwestycji podlegają:
- Dział Planowania i Przygotowania Inwestycji [IPP];
- Dział Realizacji Inwestycji i Remontów [IPR];
- Dział Rozliczeń Inwestycji [IRO];
- Dział ds. Metra Warszawskiego [IMW];
- Dział Zarządzania Infrastrukturą Komunikacyjną [IZK];
- Samodzielne Stanowisko ds. Koordynowania Inwestycji Miejskich [IKI].
7. Dyrektorowi Pionu Teleinformatycznego i Bezpieczeństwa podlegają:
- Dział Informatyki [EU];
- Dział Projektów i Rozwoju Systemów Informatycznych [ER];
- Dział Bezpieczeństwa [EB].
8. Dyrektorowi Pionu Administracyjno-Organizacyjnego podlegają:
- Dział Organizacji i Zarządzania Jakością [OZJ];
- Dział Administracyjno-Gospodarczy [OG];
- Dział Kontaktu z Pasażerem [OKP];
- Dział Marketingu [OM].
SCHEMAT ORGANIZACYJNY